גף פרסי ישראל במשרד החינוך מלווה את כל התהליך הקשור בפרס מראשיתו, החל מפרסום התחומים לאותה שנה, דרך משלוח טופסי מועמדות, קבלה, מיון, ארגון וניתוב החומר אל ועדות השופטים השונות.
גף פרסי ישראל עומד בקשר עם הגורמים השונים: שופטים, מועמדים ומגישים, ומופקד על ישיבות ועדות השופטים.
הגף דואג להעברת המידע ביחס לזוכים לציבור הרחב, ועומד בקשר הדוק ורצוף עם גורמים ממלכתיים שונים בכל הנוגע לנושא פרסי ישראל, דואג להקמת ולעדכון מאגרים ממוחשבים רלוונטיים ומספק מידע לכל פונה.
הגף מפיק בסיוע מטה ההסברה את טקס הענקת פרסי ישראל המתקיים מדי שנה במוצאי יום העצמאות, בירושלים.
כמו כן, גף פרסי ישראל מוציא לאור חוברת שנתית מהודרת של מקבלי הפרס.